1 概要

VPSをつかって、RStudio Server/ Shiny Serverをうごかしたい。
- WordPressを動かしているさくらインターネットを使うことにする。4/7。1Gモデル。
- 月曜日の勤め先の所内サーバーと同じubuntu20.04で構築。
- MCA関係のパッケージのインストールでプロセスがkillされる事態に遭遇

本稿は、その時の試行錯誤を経て作成された。

1.1 履歴

ver0.5 2023/04/18

2 全体（試行錯誤）の流れ

問題解決に試行錯誤の一週間
- 最初は、RStudioやRのversionの関係をうたがう。R3.6.3、R4.1.3、R4.2.3、皆同じ。
- 次は、ubuntuのversionを試す。22.04、20.04。同じ。
- エラーメッセージを読むと、メモリがなくなっている、ということらしいことがわかる。
- free -h でプロセスがkillされるあたりを確認。1Gほぼ振り切れていた。
- この間、何度もOSの再インストール。
- さくらVPSのお試し期間では、二つもでるを試せることがわかったので、2Gモデルも試すことにした。
- そのセットアップをする際に、スタートアップスクリプトに、スワップファイルに関するものがあることを発見。初期設定は、使用せず。サイズは１Gから８Gまであった。
- まずは、スワップ設定なしで２G。問題なくコンパイルできた。
- 次に、1Gで、スワップファイルを１G設定して構築。これでも、問題なくコンパイルできた。
以上から、1Gモデル+3Gスワップファイルで運用を開始することにした。
- メモリの増設やドライブ容量の増加は、本契約後でも可能らしいので、これでスタートする。（ダウングレード」は不可とのこと。）

3 sakuraVPSの設定

3.1 スワップファイルの設定

3.2 パケットフィルタの設定

初期設定としては、port22だけあいている。これに以下のものを追加
- 80/443
- 8787
- 3838

4 sshでサーバーに接続してやること

4.1 常用するユーザを作成し、そのユーザがsudoできるようにする

sudo adduser kazuo
sudo gpasswd -a kazuo sudo

4.2 その常用ユーザでloginしなおして、あれこれインストール

tidyverse をインストール時にもとめられたので、それをまとめてインストールしておく。※1

sudo apt install cmake libxml2-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev libfontconfig1-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev

5 Rをインストールする

CRANの以下のページをみながら最新版をインストールする

https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu

Shiny Server のインストール解説（https://posit.co/download/shiny-server/）にあるリンクでRをインストールすると、3.6.3のように昔のものが入ってしまうので、CRANのubuntuリンクから最新版をインストールする。

また、このながれで、r-base-devもインストールしておく。

インストールがおわったら、ユーザをrootに切り替えてからRを起動し、そこで、パッケージshinyとパッケージrmarkdownをインストールする。

ここでrootのパッケージ保存場所にインストールされるのだが、ユーザshinyが使える場所にインストールする必要がある。（個別ユーザがpackageをインストールすると、そのユーザしか使えないところに保存される。環境変数を確認しておくこと。）

二つのpackageをインストールしたら、一度q()で終了しておく。

5.1 メモリを消費するパッケージをインストールする：RcppEigen

私が、当初ぶつかったインストールエラーは、このpackageのインストールでのメモリ不足。ここで、インストールを試みて、エラーが起こらないことを確認しておく。

どうように、tidyverseをインストールしようとすると、※１に列挙したlib***がない、というエラーに遭遇する。

6 RStudio Server をインストールする

インストール手順は以下にある。

https://posit.co/download/rstudio-server/

7 Shiny Server

ubuntu22.04とそれ以前18.04～20.04までとインストールパッケージが異なるので注意。Shinyの方は、18.04以降は同じパッケージ。

インストールを、コマンドラインから行うが、そのユーザ、PWでloginするように設定がされる。

8 Shiny Serverをインストールする

インストール手順は、以下にある。

https://posit.co/download/shiny-server/

この中の、r-base のインストールまでは終了しているので、package Shinyをrmarkdownのインストールを行う。

コマンドラインを切り貼りしてペーストしてもエラーになってしまったので、内容を分解して実行する。すなわち、

ユーザrootになる
Rを起動する
install.packagesでShinyとrmarkdownをインストールする。

である。

これがおわったら、以下のコマンドを実行する。

sudo apt-get install gdebi-core

wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-18.04/x86_64/shiny-server-1.5.20.1002-amd64.deb

sudo gdebi shiny-server-1.5.20.1002-amd64.deb

最後の行を実行すると、Shiny Serverが起動し、ブラウザで、サーバーアドレス:3838を開くと以下の画面現れる。

右の上のグラフは、package Shinyのインストールがうまくいっていれが表示される。右下のグラフは、package rmarkdon　のインストールがうまくいっていれば表示される。

最初に表示されるサンプルオブジェクトは、以下の場所にある。

また、以下にサンプルページが用意されている。

http://133.167.73.14:3838/sample-apps/hello/
http://133.167.73.14:3838/sample-apps/rmd/

対応するdirectoryは、
/opt/shiny-server/samples/sample-apps/hello
/opt/shiny-server/samples/sample-apps/rmd

である。

ここまでくれば、次はユーザエリアに展開したShiny object を表示させる設定をするだけである。その方法は、以下にある。

http://docs.rstudio.com/shiny-server/#quick-start

--- title: "sakura VPSにRStudio Server/Shiny SErver を立てる" subtitle: "GDAtoolsでspeMCA" author: - name: 藤本一男 e-mail: kazuo.fujimoto2007@gmail.com url: https://419kfj.sakura.ne.jp/db affiliations: - name: 津田塾大学数学・計算機科学研究所 date: "2023/04/18" title-block-banner: true toc: true highlight-style: pygments number-sections: true format: html: code-fold: true code-tools: true html-math-method: katex --- # 概要 - VPSをつかって、RStudio Server/ Shiny Serverをうごかしたい。 - WordPressを動かしているさくらインターネットを使うことにする。4/7。1Gモデル。 - 月曜日の勤め先の所内サーバーと同じubuntu20.04で構築。 - MCA関係のパッケージのインストールでプロセスがkillされる事態に遭遇本稿は、その時の試行錯誤を経て作成された。 ## 履歴 - ver0.5 2023/04/18 # 全体（試行錯誤）の流れ - 問題解決に試行錯誤の一週間 - 最初は、RStudioやRのversionの関係をうたがう。R3.6.3、R4.1.3、R4.2.3、皆同じ。 - 次は、ubuntuのversionを試す。22.04、20.04。同じ。 - エラーメッセージを読むと、メモリがなくなっている、ということらしいことがわかる。 - free -h でプロセスがkillされるあたりを確認。1Gほぼ振り切れていた。 - この間、何度もOSの再インストール。 - さくらVPSのお試し期間では、二つもでるを試せることがわかったので、2Gモデルも試すことにした。 - そのセットアップをする際に、スタートアップスクリプトに、スワップファイルに関するものがあることを発見。初期設定は、使用せず。サイズは１Gから８Gまであった。 - まずは、スワップ設定なしで２G。問題なくコンパイルできた。 - 次に、1Gで、スワップファイルを１G設定して構築。これでも、問題なくコンパイルできた。 - 以上から、1Gモデル+3Gスワップファイルで運用を開始することにした。 - メモリの増設やドライブ容量の増加は、本契約後でも可能らしいので、これでスタートする。（ダウングレード」は不可とのこと。） # sakuraVPSの設定 ## スワップファイルの設定 ![](swapfile.PNG) ## パケットフィルタの設定 - 初期設定としては、port22だけあいている。これに以下のものを追加 - 80/443 - 8787 - 3838 ![](packet_filter.PNG) # sshでサーバーに接続してやること ## 常用するユーザを作成し、そのユーザがsudoできるようにする ``` sudo adduser kazuo sudo gpasswd -a kazuo sudo ``` ## その常用ユーザでloginしなおして、あれこれインストール tidyverse をインストール時にもとめられたので、それをまとめてインストールしておく。※1 ``` sudo apt install cmake libxml2-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev libfontconfig1-dev libharfbuzz-dev libfribidi-dev libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev ``` # Rをインストールする - CRANの以下のページをみながら最新版をインストールする <https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu> ::: callout-important ## Shiny Server のインストール解説（<https://posit.co/download/shiny-server/>）にあるリンクでRをインストールすると、3.6.3のように昔のものが入ってしまうので、CRANのubuntuリンクから最新版をインストールする。 ::: ```{r} ``` また、このながれで、r-base-devもインストールしておく。インストールがおわったら、ユーザをrootに切り替えてからRを起動し、そこで、パッケージshinyとパッケージrmarkdownをインストールする。 ::: callout-note ## ここでrootのパッケージ保存場所にインストールされるのだが、ユーザshinyが使える場所にインストールする必要がある。（個別ユーザがpackageをインストールすると、そのユーザしか使えないところに保存される。環境変数を確認しておくこと。） ::: 二つのpackageをインストールしたら、一度q()で終了しておく。 ## メモリを消費するパッケージをインストールする：RcppEigen 私が、当初ぶつかったインストールエラーは、このpackageのインストールでのメモリ不足。ここで、インストールを試みて、エラーが起こらないことを確認しておく。どうように、tidyverseをインストールしようとすると、※１に列挙したlib\*\*\*がない、というエラーに遭遇する。 # RStudio Server をインストールするインストール手順は以下にある。 <https://posit.co/download/rstudio-server/> # Shiny Server ::: callout-important ## ubuntu22.04とそれ以前18.04～20.04までとインストールパッケージが異なるので注意。Shinyの方は、18.04以降は同じパッケージ。 ::: インストールを、コマンドラインから行うが、そのユーザ、PWでloginするように設定がされる。![](https://www.evernote.com/shard/s15/res/8b9bd0c1-bbac-48c2-a5b3-4add1b6677d2.png) # Shiny Serverをインストールするインストール手順は、以下にある。 <https://posit.co/download/shiny-server/> この中の、r-base のインストールまでは終了しているので、package Shinyをrmarkdownのインストールを行う。コマンドラインを切り貼りしてペーストしてもエラーになってしまったので、内容を分解して実行する。すなわち、 - ユーザrootになる - Rを起動する - install.packagesでShinyとrmarkdownをインストールする。である。これがおわったら、以下のコマンドを実行する。 ```{} sudo apt-get install gdebi-core wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-18.04/x86_64/shiny-server-1.5.20.1002-amd64.deb sudo gdebi shiny-server-1.5.20.1002-amd64.deb ``` 最後の行を実行すると、Shiny Serverが起動し、ブラウザで、サーバーアドレス:3838を開くと以下の画面現れる。 ![](https://www.evernote.com/shard/s15/res/eef9942c-bd49-48da-8212-0f19a069b425.png) 右の上のグラフは、package Shinyのインストールがうまくいっていれが表示される。右下のグラフは、package rmarkdon　のインストールがうまくいっていれば表示される。最初に表示されるサンプルオブジェクトは、以下の場所にある。また、以下にサンプルページが用意されている。 - <http://133.167.73.14:3838/sample-apps/hello/> - <http://133.167.73.14:3838/sample-apps/rmd/> 対応するdirectoryは、 - /opt/shiny-server/samples/sample-apps/hello - /opt/shiny-server/samples/sample-apps/rmd である。ここまでくれば、次はユーザエリアに展開したShiny object を表示させる設定をするだけである。その方法は、以下にある。 <http://docs.rstudio.com/shiny-server/#quick-start>